Rails работает через модуль апач - mod_passenger. Для включения Rails достаточно добавить в .htaccess:

PassengerAppRoot path
PassengerRuby /usr/local/bin/ruby
RackEnv production

где path - полный путь к папке где размещается rails-приложение.

На нашем хостинге полный путь к папке аккаунта строится следующим образом: /home/fl/login

где fl - первая буква логина аккаунта, login - логин аккаунта

Файлы рельс нужно размещать в папке на которую направлен ваш домен а не в папку htdocs где размещаются публично доступные файлы.